Le nouveau système d'exploitation pour les appareils de Google, Googlebook OS, suscite certaines critiques de la part des utilisateurs en raison de problèmes de compatibilité avec les applications Linux et certains outils web. Contrairement à son prédécesseur, ChromeOS, qui a réussi à exécuter la plupart des paquets Debian — des logiciels Linux couramment utilisés — depuis 2018, le nouvel Googlebook OS ne priorise pas le support des applications graphiques Linux. Cela signifie que les utilisateurs qui achètent un appareil fonctionnant sous Googlebook OS pourraient constater que certains programmes Linux ne fonctionnent pas correctement, voire pas du tout, les limitant aux applications Android et aux outils basés sur le web préinstallés. Bien que Googlebook OS inclue un terminal permettant l'installation d'applications Linux, l'intégration avec le système principal reste limitée. Par exemple, des outils comme Gimp (un éditeur d'images populaire) et Termius (un émulateur de terminal) ne sont pas disponibles dans le tiroir d'applications et doivent être lancés via la ligne de commande. Cela peut prêter à confusion pour les utilisateurs peu familiers avec le terminal et entraîner des problèmes techniques, comme des difficultés à utiliser ces applications avec une souris. Google n'a pas mis en avant le fait que Googlebook OS est essentiellement une autre version de Linux, ce qui pourrait poser problème pour les utilisateurs dépendant de logiciels basés sur Linux. Ce manque de compatibilité pourrait être un inconvénient pour certains, même si Googlebook OS est conçu principalement pour les outils web et les applications Android. Pour les utilisateurs ayant déjà utilisé ChromeOS, la possibilité d'exécuter des applications Linux a été une fonctionnalité utile pour les tâches de productivité, et son absence dans le nouveau système pourrait représenter un recul. Certaines applications web, comme Slack, rencontrent également des problèmes d'installation sur Googlebook OS. Google explique que celles-ci ne sont pas des Progressive Web Apps (PWA) « conformes », bien qu'elles fonctionnent parfaitement sur d'autres systèmes d'exploitation. Cela peut être gênant, surtout si la version Android de l'application ne propose pas les mêmes fonctionnalités. Parallèlement, Google prévoit de supprimer progressivement ChromeOS d'ici mi-2034 et de migrer tous les Chromebooks vers Googlebook OS. Cependant, des défis persistent, notamment des problèmes de compatibilité avec certaines applications Android sur les processeurs Intel et des difficultés de synchronisation avec les téléphones Samsung.